事業承継やM&Aを検討する中小企業の支えになるのが「事業承継・M&A補助金」です。16次公募の申請受付は2026年10月2日（金）から11月6日（金）17:00まで。最大2,000万円が補助されます。
ただし、すぐ申請できる制度ではありません。電子申請に必要なGビズIDプライムの発行だけで1〜2週間。仲介会社と契約する前に交付決定を受ける必要があり、順番を誤ると補助対象外になります。
本記事では補助上限・補助率、対象者、申請の流れを整理します。補助率・補助上限額・申請期間などは変更されることがあります。最新情報は必ず公式サイトと中小企業庁の公表情報をご確認ください。
事業承継・M&A補助金とは｜16次公募の概要
制度の概要とスケジュール
事業承継・M&A補助金とは、中小企業生産性革命推進事業の一つとして、事業承継やM&A、統合後の取組の費用の一部を国が補助する制度のことです。所管は中小企業庁、実施は中小企業基盤整備機構と事務局。申請は電子申請システムjGrants（Jグランツ）のみです。
- 公募申請受付：2026年10月2日（金）〜11月6日（金）17:00
- 説明会：2026年10月9日（金）14:00〜（オンライン）
- 採択：2026年12月下旬以降／交付決定：2027年1月下旬以降
- 事業実施：交付決定日〜2028年3月中旬／入金：2027年10月上旬以降
申請から入金まで約1年の精算払い（後払い）で、費用はいったん全額を立て替えます。
補助上限・補助率の早見表
| 支援枠／類型 | 補助率 | 補助上限額 | 上乗せ |
|---|---|---|---|
| 事業承継促進枠 | 1/2以内（小規模2/3） | 800万円（下限100万円） | 賃上げ3%で1,000万円／廃業費＋300万円 |
| 専門家活用枠 買い手支援 | 2/3以内 | 600万円（下限50万円） | DD実施＋200万円／廃業費＋300万円 |
| 専門家活用枠 売り手支援 | 1/2または2/3以内 | 600万円（下限50万円） | DD費用＋200万円／廃業費＋300万円 |
| 小規模売り手支援 | 2/3以内 | 450万円 | 廃業費＋150万円 |
| 買い手支援 100億企業特例 | 1,000万円以下1/2、超過分1/3 | 2,000万円（下限50万円） | 廃業費＋300万円 |
| PMI推進枠 専門家活用 | 1/2以内 | 150万円（下限50万円） | 単独申請なら廃業費＋300万円 |
| PMI推進枠 事業統合投資 | 1/2以内（小規模2/3） | 800万円（下限100万円） | 賃上げ3%で1,000万円／廃業費＋300万円 |
| 廃業・再チャレンジ枠 | 単独2/3（併用時は各枠の率） | 300万円 | 小規模売り手支援との併用時は150万円 |
DD（デューデリジェンス）とは、M&Aの前に対象会社の財務・法務・事業内容を調査し、リスクを洗い出す手続きのことです。売り手支援で2/3になるのは、物価高等で営業利益率が低下、または直近決算期が赤字の場合です。
4つの支援枠の比較と採択率
| フェーズ | 使う支援枠 | 主な対象費用と注意点 |
|---|---|---|
| 5年以内の親族内承継・従業員承継 | 事業承継促進枠 | 設備投資費・改装費など。策定支援を受けると加点 |
| M&Aの実行 | 専門家活用枠 | 仲介手数料・FA費用・DD費用・士業報酬。グループ内再編や親族間承継に相当するM&Aは対象外 |
| 統合後の経営（PMI） | PMI推進枠 | PMI専門家への委託費、統合に伴う設備投資。クロージングから3年以内が対象 |
| 廃業を伴う場合 | 廃業・再チャレンジ枠 | 廃業支援費・在庫廃棄費・解体費など。他3枠と併用可 |
PMIとは、M&A成立後に人事・業務・システムを統合し、想定した効果を実現していく取組のことです。補助額は「補助対象経費 × 補助率」で計算し、消費税額は除きます。採択率は11次から14次まで約60.7〜61.1%と約6割で推移し、枠による差もほとんどありません。
対象者・申請要件・加点事由と申請の流れ
対象となる中小企業者と、申請できないケース
対象は国内で事業を営む中小企業者・小規模事業者・個人事業主です。規模要件は製造業その他が資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業が1億円以下／100人以下、小売業が5,000万円以下／50人以下、サービス業が5,000万円以下／100人以下。法人は設立登記と3期分の決算・申告の完了が必要です。
資本金5億円以上の法人に100%株式を保有される法人、直近3年分の課税所得の年平均額が15億円超、みなし大企業、社会福祉法人・医療法人・学校法人などは対象外。交付決定前の契約・発注、物品や不動産のみの売買、従業員の引継ぎを伴わない譲渡、休眠会社のM&A、他補助金との重複も申請できません。
加点事由10項目と賃上げ要件
専門家活用枠の加点事由は、①中小企業の会計に関する基本要領等の適用 ②経営力向上計画の認定等 ③地域未来牽引企業 ④小規模事業者等 ⑤事業継続力強化計画の認定 ⑥ワーク・ライフ・バランス等の推進 ⑦健康経営優良法人 ⑧サイバーセキュリティお助け隊の利用 ⑨2%以上の賃上げ表明 ⑩米国の追加関税措置の影響の10項目です（小規模売り手支援は④が外れ9項目）。
混同しやすいのが賃上げです。加点は上昇率2%以上（全枠共通）で、補助上限の引き上げ（800万円→1,000万円）は3%以上。後者は事業承継促進枠とPMI推進枠 事業統合投資類型のみです。2%で未達だと18か月間、他補助金の審査で大幅な減点を受け、3%で未達なら上乗せ分（最大200万円）の返還を求められます。
申請の流れと公募開始前の準備4つ
流れは①公募申請（jGrants）→②採択→③交付申請→④交付決定→⑤事業実施→⑥実績報告→⑦確定検査→⑧入金です。
- GビズIDプライムの取得：印鑑証明書（3か月以内）と代表者印を押した申請書が必要
- M&A支援機関登録制度の確認：登録支援機関の利用が必須
- 決算書等の収集：履歴事項全部証明書・直近3期分の決算書・住民票
- 加点書類の収集：認定通知書は取得に時間がかかる
補助対象経費と実務ルール
専門家活用枠では、FA・仲介業者への着手金や成功報酬、価値算定費用、DD費用（補助額ベースで200万円まで）、士業報酬が対象です。
- M&A支援機関登録制度の登録業者の利用が必須。未登録業者への支払いは対象外
- 消費税、振込手数料、実績報告書の作成費用、契約締結前のコンサル費用なども対象外
- 支払は補助事業者名義口座からの振込かクレジットカード1回払いのみ
- 1件50万円以上（税抜）の支払は原則2者以上の相見積が必須
事業承継・M&Aを機に業務のデジタル化を同時に進める
承継の現場で最も多いのは「渡すものが無い」状態
当協会が中小企業のDX支援を行う中で、承継期の事業者からよくいただくのが「紙とExcelと社長の頭の中にしか情報が無く、引き継ごうにも渡すものが無い」というご相談です。取引条件も見積の根拠も現経営者の記憶に依存したままでは、後継者は再構築から始めることになります。
また、補助金の準備でつまずく最大の要因は制度理解ではなく書類側の詰まりです。「GビズIDが無い」「直近3期分の決算書がすぐ出てこない」という理由で受付期間が溶けます。支援の現場では、まず必要書類の所在を一覧化するところから始めています。
PMI推進枠はシステム統合の投資も対象になり得る
PMI推進枠の事業統合投資類型は統合に伴う設備投資が対象で、IT・会計システムの統合も含まれ得ます。別々の販売管理システムのまま統合すると二重入力が恒常化し、紙のままなら二重管理が固定化します。
承継前に着手しておきたい3つの整理
特別なツールは不要です。取引先台帳・見積根拠・業務手順を検索できる形にそろえるだけで引き継ぎの負荷は下がります。Google Workspace のような共有ドライブに集約すれば、資料提出も速くなります。判断が難しい場合は、DX顧問（一般社団法人中小企業販促・DX支援協会）のような第三者の視点を入れて整理することをおすすめします。
活用事例｜支援枠別のケース試算
枠ごとの使い方をケース例で示します。金額は概算です。
ケース1：小規模の製造業が親族内承継に合わせて設備を更新する
従業員8名の金属加工業。3年以内に長男へ承継する計画で、加工機の更新に600万円（税抜）を投資。小規模事業者等に該当し事業承継促進枠の補助率2/3が適用され、補助額は最大400万円程度です。
ケース2：中堅の卸売業が同業他社を買収する
従業員60名の卸売業が同業他社をM&Aし、仲介手数料900万円とDD費用300万円が発生するケース。買い手支援の上限600万円にDD上乗せ200万円が加わり、最大800万円程度。審査では買収の目的と地域経済への影響が問われます。
ケース3：従業員5名の小売事業者が事業を譲渡する
後継者不在の小売事業者が、雇用維持を条件に第三者へ譲渡するケース。仲介手数料500万円で、小規模売り手支援（補助率2/3・上限450万円）なら補助額は最大333万円程度です。
ケース4：一部事業を譲渡し、残りを廃業する
サービス業が主力事業を譲渡し、採算の合わない事業は廃業するケース。仲介手数料900万円、DD費用300万円、廃業費用400万円が発生します。売り手支援の上限600万円にDD上乗せ200万円、廃業枠の併用で300万円が加わり、最大1,100万円程度です。
デメリット・注意点
入金は約1年後で、全額立て替えが前提
申請が2026年10月でも入金は2027年10月上旬以降です。仲介手数料も設備代金もいったん全額を自社で支払うため、つなぎ融資を含む資金手当ては申請前に相談しておくと安心です。
事前着手は一切認められない
交付決定通知の前に委託契約を締結したり設備を発注したりすると、その費用は補助対象外です。M&Aは相手のある話で、交渉と交付決定がずれると、補助金を諦めるか案件を遅らせるかの二択になります。
支援機関の選択肢が限られ、事務負担も重い
補助対象は登録された支援機関への支払いのみで、未登録アドバイザーの費用は補助されません。相見積や証憑提出など厳格なルールが課され、実績報告書の作成費用自体も対象外です。
採択率は約6割で、落選リスクは常にある
直近4回の採択率は約60%台で、裏を返せば4割は不採択です。「採択されなければM&Aを見送る」という設計は、事業判断が補助金に引きずられます。
よくある失敗パターンと対策
パターン1：GビズIDが間に合わず申請できない
症状：公募開始後に準備を始め、受付終了までにjGrantsへログインできなかった。原因：発行に1〜2週間、混雑時は3週間かかると知らなかった。対策：申請を決める前にGビズIDプライムだけは取得しておきます。
パターン2：交付決定前に契約してしまい対象外になる
症状：採択の連絡で安心して委託契約を締結し、実績報告で対象外と指摘された。原因：採択と交付決定を同じだと誤解した。対策：契約書・発注書の日付を交付決定日以降にそろえます。
パターン3：賃上げ表明が未達になり、他の補助金にも影響する
症状：加点目的で2%の賃上げを表明したが未達となり、別の補助金で減点された。原因：業績見通しと切り離して数値を決めた。対策：他補助金への影響や返還リスクまで踏まえて判断し、確度が低いなら他の加点事由で積み上げます。
パターン4：「地域への貢献」を数値で書けない
症状：申請書の記載が一般論に終始し、説得力を欠いた。原因：雇用状況・仕入先の構成・域外売上の割合を数値で把握できていなかった。対策：地域の雇用の維持・創出、域内仕入、地域の強みの活用という観点でデータを先に集めます。
まとめ
16次公募の要点
16次公募の受付は2026年10月2日（金）から11月6日（金）17:00までです。事業承継促進枠は最大800万円（賃上げ3%以上で1,000万円）、買い手支援は最大600万円にDD上乗せ200万円、100億企業特例は最大2,000万円が上限です。
いま準備すべきこと
成否を分けるのは制度理解よりも、GビズIDの取得、必要書類の収集、契約日と交付決定日の管理といった段取りです。社内の情報整理を並行して進めておくと統合後の運営も楽になります。なお本記事は2026年9月時点の情報です。
補助率・補助上限額・申請期間などは変更されることがあります。最新情報は必ず公式サイトと中小企業庁の公表情報でご確認ください。
